W 1939 roku w stopniu porucznika został przyjęty do Wyższej Szkoły Wojennej w Warszawie. W kampanii wrześniowej w składzie Armii „Kraków” jako oficer sztabu dowódcy artylerii dywizyjnej 6 Dywizji Piechoty z którą przeszedł cały szlak bojowy. 20 września 1939 roku dostał się do niewoli niemieckiej w rejonie Zamościa. Z obozu jenieckiego uciekł 11 października 1939 roku i trafił do Krakowa, gdzie należał do pierwszych organizatorów Służby Zwycięstwu Polski, a później włączył się do konspiracji ZWZ. W końcu sierpnia 1940 roku, zagrożony aresztowaniem przeniósł się do Warszawy, gdzie od września 1940 roku był szefem Oddziału II Okręgu Warszawskiego, następnie od kwietnia 1942 pracował jako szef wywiadu ofensywnego w Wydziale II Komendy Obszaru Warszawa Armii Krajowej.
Od maja 1943 r. brał udział w walkach na Zamojszczyźnie, początkowo jako dowódca samodzielnej kompanii, następnie zastępca dowódcy 9 pp AK, za co został odznaczony Krzyżem Srebrnym Orderu Wojennego Virtuti Militari. 24 września 1943 jego oddział dokonał uwolnienia grupy 73 więźniów osadzonych w Biłgoraju (wśród nich był prof. Ludwik Ehrlich)Edward Zając, Szkice z dziejów Sanoka, Sanok 1998, s. 30..