Formowanie i zmiany organizacyjne 21 Brygada Strzelców Podhalańskich została sformowana w 1993 na bazie 5 Pułku Strzelców Podhalańskich oraz odtwarzanych oddziałów 9 Dywizji Zmechanizowanej jako jednostka Krakowskiego Okręgu Wojskowego. W 1999 brygadę włączono do Korpusu Powietrzno-Zmechanizowanego. W tym samym roku, w związku z rozformowaniem 14 Brygady Pancernej, do składu 21 BSP włączono: dwa bataliony czołgów z Żurawicy, dywizjony artylerii przeciwpancernej, samobieżnej i rakietowej z Jarosławia oraz Polsko-Ukraiński Batalion Sił Pokojowych z Przemyśla.
Od 1 lipca 2000 do 1 września 2011 brygada była podporządkowania dowódcy 1 Dywizji Zmechanizowanej. Od 1 września 2011 jednostka podlegała bezpośrednio Dowódcy Wojsk Lądowych. Decyzją Ministra Obrony Narodowej Nr Z-65/Org./P1 oraz Nr Z-66/ZOiU-P1 z dnia 5 września 2018 r.
29 sierpnia 2019 r. brygada została włączona w skład nowo formowanej 18 Dywizji Zmechanizowanej.