W Tatrach był trzykrotnie, w latach 1792–1794, zwiedzając zwłaszcza ich polską stronę. Interesował się botaniką, geologią, mineralogią i funkcjonującym tu jeszcze szczątkowo górnictwem rud metaliEncyklopedia tatrzańska. 1973. s. 157.
W lecie 1792 roku dotarł w te góry od strony północnej, tj. od Nowego Targu i Witowa. Zwiedził wówczas hutę i kuźnice żelaza w okolicach „źródeł Białego Dunajca” (właśc. w dolinie Bystrej), które były wówczas akurat nieczynne z powodu braku rudy. Był m.in. na Czerwonych Wierchach. W końcu lipca 1793 roku postanowił wejść na Krywań, uważany wówczas za najwyższy szczyt Tatr. Próba podjęta z dwoma góralami od strony północno-zachodniej (z Doliny Koprowej) nie powiodła się i wspinacze musieli zawrócić przed osiągnięciem wierzchołka. Za drugim razem, idąc od południa, 28 czerwca 1794 roku Hacquet dotarł na szczyt.
Od 1805 do 1809 roku pracował jako profesor chemii i botaniki na Akademii Krakowskiej. W tym okresie przez krótki czas pełnił też funkcję zastępcy dyrektora Ogrodu Botanicznego w Krakowie. Po ustąpieniu ze stanowiska na Uniwersytecie udał się do Wiednia. Tu zmarł 10 stycznia 1815 roku, w przededniu przygotowywanej podróży do rodzinnej Francji.