Rozwód z Kate i zainteresowanie mediów W odcinku z 22 czerwca 2009 roku zostało ogłoszone, że para jest w separacji i planuje rozwód. Jon zaczął szukać nowego mieszkania w Nowym Jorku. Oświadczył, że to Kate chciała rozwodu, podczas gdy Kate twierdziła, iż to Jon ją opuścił i ona musi teraz chronić siebie i swoje dzieci. W odpowiedzi Jon wydał oświadczenie, zauważając, że jego żona zrobiła pierwszy prawny krok i zapewnił o swojej miłości do dzieci.
Pod koniec września 2009 roku Jon złożył do sądu dokument starający się opóźnić sprawę rozwodową przez 90 dni, argumentując: „Żałuję swojego zachowania odkąd razem z Kate jesteśmy w separacji... Krótki czas utrzymywałem kontakty towarzyskie z innymi kobietami”. 24 listopada 2009 roku wyznał na łamach czasopisma Star Magazine, że zdradzał Kate.
Inne przedsięwzięcia Jon, razem ze swoją żoną i Beth Carson, jest współautorem książki Multiple Blessings: Surviving to Thriving with Twins and Sextuplets. Po wyznaniu o zdradzie książka znalazła się na liście bestsellerów w Nowym Jorku (New York Times Best Seller list). Jon pojawił się również w programie Amerykański chopper.