Pod koniec 1989, gdy w państwach bloku wschodniego następował rozpad rządów komunistycznych, Sali Berisha dołączył do środowisk domagających się przeprowadzenia reform w Albanii. Zażądał od reżimu zniesienia monopolu partyjnego i wprowadzenia gospodarki rynkowej. Stał się jedną z głównych postaci formalnie nielegalnej, ale tolerowanej albańskiej opozycji. W sierpniu 1990 na spotkaniu intelektualistów zwołanym przez Ramiza Alię zgłosił m.in. postulaty demokratyzacji zgodnej ze standardami Rady Europy czy usunięcia pomników Józefa Stalina. We wrześniu w artykule opublikowanym przez gazetę „Bashkimi” skrytykował wprowadzane reformy, które określił mianem kosmetycznych. W tym samym roku opuścił partię komunistyczną, współtworząc w grudniu 1990 Demokratyczną Partię Albanii, na czele której stanął w 1991.