Działalność w latach 1992–1997 9 kwietnia 1992 parlament większością 96 głosów powołał go na nowego prezydenta Albanii, pierwszego niekomunistycznego od 1944. Nowym premierem został archeolog Aleksandër Meksi, a przywództwo w partii przekazano adwokatowi Eduardowi Selamiemu. Albania w tym czasie była najbiedniejszym i najsłabiej rozwiniętym krajem w Europie. W 1992 PKB spadł o 9%, inflacja wyniosła 250%, a stopa bezrobocia 40%. Dochodziło do braków zaopatrzenia w podstawowe produkty i przerw w dostawach energii. Istotnym źródłem przychodów wielu rodzin były przekazy pieniężne przesyłane przez imigrantów zarobkowych pracujących głównie w Grecji i Włoszech. W okresie prezydentury Salego Berishy przeprowadzono szereg reform gospodarczych celem transformacji gospodarki w wolnorynkową. Doszło do uwolnienia cen, liberalizacji handlu, ograniczenia wydatków państwowych, dekolektywizacji gruntów rolnych i prywatyzacji. Skutkowało to wzrostem gospodarczym i w pierwszych latach znaczącym ograniczeniem inflacji.