W 1819 Bubulina ponownie wyruszyła do Konstantynopola, by spotkać się z patriarchą Grzegorzem V i uzgodnić z nim datę rozpoczęcia powstania.
Wojna wyzwoleńcza 13 marca 1821, na 12 dni przed oficjalnym rozpoczęciem działań wojennych, na „Agamemnonie” podniesiono flagę rewolucyjną i oddano salut armatni. 3 kwietnia rozpoczęły się walki na wyspie Spetses, wkrótce przyłączyły się wyspy Hydra i Psara. Te 3 wyspy dysponowały łącznie 300 statkami. Bubulina z własnego majątku przez dwa lata utrzymywała armię złożoną z mieszkańców Spetses oraz załogi statków. Kapitanami statków mianowała swoich synów i braci przyrodnich. W 1821 Bubulina na czele swojej floty wyruszyła na podbój twierdzy Nafplion. Twierdza została zdobyta, po prawie dwuletnim oblężeniu, 30 listopada 1822. Zdobyto też fortecę Monemvasia. W bitwie pod Argos pierworodny syn Bubuliny, Giannis Giannouzas, który dowodził oddziałem żołnierzy z Spetsos, poległ od tureckiej kuli w walce.