W latach 1983–1991 był przewodniczącym Sekcji Profesorów Teologii Fundamentalnej przy Komisji Episkopatu ds. Nauki. Uczestniczył w pracach Komisji Episkopatu ds. Ekumenizmu. Z nominacji papieża Jana Pawła II w latach 1986–1996 był członkiem Międzynarodowej Komisji Teologicznej. Ponadto w latach 1973–1974 wchodził w skład Komisji Mieszanej Katolicko-Luterańskiej, powołanej przez Sekretariat ds. Jedności Chrześcijan i Światową Federację Luterańską. W latach 1985 i 1991 uczestniczył jako ekspert w synodach biskupów w Rzymie. Był redaktorem działu ekumenicznego Encyklopedii Katolickiej, należał do kolegium redakcyjnego „Roczników Teologicznych”.
W latach 70. i 80. XX w. działał w krakowskim duszpasterstwie studentów medycyny i pracowników służby zdrowia.
28 września 2003 papież Jan Paweł II ogłosił jego nominację kardynalską. 7 października 2003 został prekonizowany arcybiskupem tytularnym Hólaru. Święcenia biskupie przyjął 13 października 2003 w katedrze na Wawelu. Udzielił mu ich kardynał Franciszek Macharski, arcybiskup metropolita krakowski, z towarzyszeniem kardynała Mariana Jaworskiego, arcybiskupa metropolity lwowskiego, i arcybiskupa Józefa Kowalczyka, nuncjusza apostolskiego w Polsce. Na swoje zawołanie biskupie wybrał słowa In Te, Cor Iesu, speravi (W Tobie, Serce Jezusa, swą ufność złożyłem).