Opady deszczu z racji wybitnego kontynentalizmu są niewielkie. Na przeważającej części kraju średnie ich sumy wynoszą od 200 do 400 mm. Najniższe opady występują w południowo-zachodniej części kraju – zaledwie 50 mm rocznie. Najwięcej opadów notuje się we wschodniej części kraju, gdzie zaznacza się wpływ wiatrów monsunowych, oraz w górach. Najwyższe wartości osiągają 1000 mm rocznie. Są to głównie tereny leżące powyżej 3000 m n.p.m. W porze letniej opady są najniższe albo nie występują wcale. Jedynie tereny górskie, szczególnie w rejonie Hindukuszu, są nawiedzane przez letnie opady. Latem do częstych zjawisk należy silny wiatr nazywany wiatrem 120 dni, ponadto występuje burze pyłowe.
800px|center|thumb|Panorama krajobrazu afgańskiego Wody Większość terytorium Afganistanu to obszary bezodpływowe, jedynie niewielkie tereny na wschodzie kraju należą do zlewiska Oceanu Indyjskiego. Ogólnie sieć rzeczna jest uboga na skutek suchości klimatu. Tylko tereny wschodnie mają dobrze rozwinięta sieć rzeczną.