Chętnie współpracował z mediami. Odważnie poruszał gorące tematy dialogu chrześcijaństwa ze światem laickim. Sławna stała się w latach 90. jego wymiana poglądów z włoskim pisarzem Umberto Eco i innymi myślicielami pozakościelnymi, opublikowana w Polsce pod tytułem W co wierzy ten, kto nie wierzy?.
Brał udział w konklawe w 2005, po śmierci papieża Jana Pawła II. Był kandydatem i pretendentem do papiestwa frakcji umiarkowanie postępowych kardynałów – liberałów. 15 lutego 2007 w związku z ukończeniem 80 lat utracił prawo udziału w konklawe.
Doktor honoris causa Papieskiego Uniwersytetu Salezjańskiego w Rzymie (1989), w 2000 został uhonorowany Nagrodą Księcia Asturii w dziedzinie nauk społecznych oraz mianowany członkiem honorowym Papieskiej Akademii Nauk. Po osiągnięciu wieku emerytalnego zrezygnował z rządów archidiecezją mediolańską 11 lipca 2002. Następnie przeniósł się do Ziemi Świętej, domu zakonnego jezuitów w Jerozolimie. Ze względu na postępującą chorobę Parkinsona musiał jednak powrócić do Włoch.
Zmarł 31 sierpnia 2012. Dwa dni później odbyły się uroczystości pogrzebowe, którym przewodniczył w imieniu papieża kard. Angelo Comastri – wikariusz Państwa Watykańskiego i archiprezbiter bazyliki św. Piotra.