W tym okresie Fryderyk uczestniczył w licznych wojnach, m.in. udał się do Prus wspomagać zakon krzyżacki w walce przeciwko Jagielle. Gdy król czeski Wacław IV Luksemburski wydał swoją córkę Annę, obiecaną wcześniej Fryderykowi, za króla Anglii Ryszarda II, Fryderyk zaangażował się w politykę antyluksemburską.
Po śmierci stryja Wilhelma Jednookiego w 1407 r. Fryderyk z bratem Wilhelmem objął panowanie w margrabstwie Miśni. Kilkuletni spór o to dziedzictwo z kuzynem Fryderykiem IV (który w 1406 r. odziedziczył Turyngię po śmierci jego ojca Baltazara, stryja Fryderyka) zakończył układ zawarty w 1410 r. Wtedy także Fryderyk podzielił się z bratem Wilhelmem znajdującym się pod ich władzą terytorium (Fryderykowi przypadła większość Miśni), choć później bracia nadal ze sobą współpracowali (Wilhelm zmarł w 1425 r. nie pozostawiając dziedzica, przez co wówczas Fryderyk na powrót zjednoczył Miśnię). Jeszcze przed podziałem, w 1409 r., bracia wspólnie ufundowali uniwersytet w Lipsku (korzystając z obecności studentów i profesorów, którzy uciekli z Pragi w geście sprzeciwu wobec dekretu kutnohorskiego).