rocznicę poświęcenia katedry nicejskiej (Nicea, 2 maja 1999 roku), na obchody 150. rocznicy utworzenia diecezji Basse-Terre na Gwadelupie (19 listopada 2000 roku) oraz na obchody 60. rocznicy wyzwolenia obozu koncentracyjnego Auschwitz-Birkenau (27 stycznia 2005 roku).
11 lutego 2005 roku zrezygnował z funkcji arcybiskupa Paryża – jego następcą został kardynał André Vingt-Trois. W dniach 11 lutego–5 marca 2005 roku pełnił funkcję administratora apostolskiego Paryża. 14 marca 2005 roku zrzekł się stanowiska ordynariusza francuskich wiernych obrządków wschodnich, zaś w dniach 18–19 kwietnia tego roku uczestniczył w konklawe, które wybrało papieża Benedykta XVI.
31 maja 2007 roku ciężko chory, poruszający się na wózku inwalidzkim Lustiger oficjalnie złożył rezygnację z członkostwa w Akademii Francuskiej. W 2007 roku otrzymał także Nagrodę Jana Nowaka-Jeziorańskiego za „konsekwentne działania na rzecz wartości europejskich, budowy wspólnej Europy i obalenia systemów totalitarnych XX wieku”. Ze względu na zły stan zdrowia nagrodę tę odebrał w paryskim szpitalu.