Ludność ukraińska zamieszkująca w strefie przygranicznej często z własnej inicjatywy wyłapywała przechodzących za granicę dokonując rabunku lub też zatrzymując uchodźców i dostarczając Niemcom, za co „etatowi łowcy” otrzymywali wynagrodzenie. Wiosną 1940 po ustąpieniu śniegów w okolicach wsi ukraińskich widywano na polach okaleczone i zrabowane z ubioru zwłoki wielu ludzi, którzy na własną rękę podążali za granicę”. [w:] Andrzej Brygidyn. Kryptonim „San”. s. 48–49, Relacje Jan Radożycki. SKW 1992..
W 1942 ponad 700 żydowskich mieszkańców miasta zostało wywiezionych do obozu w Zasławiu lub zgładzonych w pobliskich lasach. W roku 1943 w Bukowsku mieszkało 2504 Polaków oraz 5 Ukraińców.
Łącznie w latach 1940–1944 w wyniku zbrodni nazistowskich, przy częstym udziale kolaborantów ukraińskich (donosy, aresztowania przez Ukraińską Policję Pomocniczą), zginęło 36 polskich mieszkańców Bukowska. W okresie wojny mieścił się w Bukowsku sztab niemieckich wojsk okupacyjnych gen. Würtza. W tym też czasie Bukowsko przynależało do placówki nr IV w Nowotańcu, podległej Komendzie Obwodu AK w Sanoku.