Mimo wewnętrznych podziałów chrześcijanie syryjscy zazwyczaj współpracują ze sobą.
Podział na wiele wyznań jest efektem zaszłości historycznych, wynikających ze sporów politycznych i doktrynalnych, które dotyczyły zazwyczaj natury Chrystusa. W roku 431, po soborze w Efezie, doszło do oddzielenia się Kościoła Wschodu od głównego nurtu chrześcijaństwa. Nestorianie wierzyli, iż Chrystus posiadał dwie odrębne natury – boską i ludzką. Boska, jako doskonała, nie mogła ich zdaniem narodzić się i umrzeć. W konsekwencji sądzili, że Jezus Chrystus był zwykłym człowiekiem, w którym dopiero później zamieszkał Bóg – „jak posąg w świątyni”. Maria, ich zdaniem, nie była „bogurodzicą” tylko matką Jezusa, gdyż nie urodziła Boga tylko Jezusa, który był człowiekiem. Ich poglądy zostały potępione przez sobór w Efezie w 431 i przez sobór w Chalcedonie w 451.
Inną grupą, również opozycyjną wobec głównego nurty chrześcijaństwa, byli monofizyci. Przyjęli oni, iż w Chrystusie istnieje tylko jedna natura boska, a ludzka została przez nią wchłonięta, zaraz po wcieleniu. Poglądy te, sformułowane przez Eutychesa z Konstantynopola, zostały potępione przez sobór chalcedoński w 451 r.n.e. Monofizytyzm dał początek Syryjskiemu Kościołowi Ortodoksyjnemu, zwanemu też jakobickim.