Na wschód od ulicy Siedleckiej ciek przeprowadzony jest syfonem pod Kanałem Bydgoskim, zbudowanym w celu zapewnienia zasilania w wodę młyna na Czyżkówku. Dla zapewnienia odpowiedniego spadu wody, przed wlotem syfonu znajduje się zastawka piętrzącaEncyklopedia Bydgoszczy. t.1. praca zbiorowa pod red. Włodzimierza Jastrzębskiego. Towarzystwo Miłośników Miasta Bydgoszczy. Bydgoszcz 2011. , str. 286-287. Ujście cieku zlokalizowane jest na prawym brzegu rzeki Brdy, poniżej połączenia z Kanałem Bydgoskim.
Analiza map topograficznych i geologicznych wskazuje, że przed wybudowaniem Kanału Bydgoskiego struga Flis spływała z terasy pradolinnej, przyjmując wody Strugi Kruszyńskiej, Strugi Prądzyńskiej i Strugi Młyńskiej, po czym w dnie pradoliny kierowała się w stronę Brdyhttps://docplayer.pl/35163572-Zasoby-przyrodnicze-i-kulturowe-drogi-wodnej-wisla-odra.html Zasoby przyrodnicze i kulturowe drogi wodnej Wisła-Odra. Praca pod red. Danuty Szumińskiej. Urząd Marszałkowski Województwa Kujawsko-Pomorskiego. Instytut Geografii Uniwersytetu Kazimierza Wielkiego w Bydgoszczy. Bydgoszcz 2008.