Do czasu objęcia urzędu przez następcę papież zlecił mu zarządzanie archidiecezją w charakterze administratora apostolskiego.

W ramach prac Episkopatu Polski był członkiem Rady Głównej (Stałej), a w latach 1994–1999 wiceprzewodniczącym Konferencji Episkopatu Polski. W latach 1986–1994 przewodniczył Podkomisji (od 1989 Komisji) ds. Dialogu z Judaizmem, w latach 1994–2002 Komisji ds. Nauki Katolickiej, w latach 1996–2000 Krajowemu Komitetowi Organizacji Wielkiego Jubileuszu Roku 2000, a w latach 2010–2012 Zespołowi ds. Rozmów z Rosyjskim Kościołem Prawosławnym. Ponadto od 1994 do 1999 był wiceprzewodniczącym Rady Naukowej, a także członkiem Komisji Duszpasterstwa Ogólnego. W latach 1994–2005 pełnił funkcję współprzewodniczącego Zespołu ds. Kontaktów Episkopatów Polski i Niemiec, a w latach 1999–2005 delegata ds. kontaktów z Komisją Episkopatów Wspólnoty Europejskiej.

thumb|left|Henryk Muszyński razem z kard. Józefem Glempem (2009) W latach 1990–2005 należał do Rady Sekretariatu Generalnego Synodu Biskupów i uczestniczył w jego czterech zgromadzeniach: w 1990 (pełnił wtedy funkcję sekretarza specjalnego), w 1994, 2001 i 2005. W latach 1994–2010 był członkiem Papieskiej Rady ds.