Tytuł doktora honoris causa przyznały mu władze Uniwersytetu Fryderyka Wilhelma w Bonn (2003) i Uniwersytetu Kazimierza Wielkiego w Bydgoszczy (2008). Został także wyróżniony Medalem za Zasługi dla Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu (2011).
Ponadto otrzymał: nagrodę naukową im. Leopolda Lucasa, przyznaną przez Fakultet Protestancki Uniwersytetu w Tybindze (1997), Medal im. Bubera-Rosenzweiga, nadany przez Niemiecką Radę Koordynacyjną Towarzystw Współpracy Chrześcijańsko-Żydowskiej (1999), statuetkę Złotego Hipolita i godność Wybitnej Osobistości Pracy Organicznej od Towarzystwa im. Hipolita Cegielskiego w Poznaniu (2004), wyróżnienie Stowarzyszenia Biblistów Polskich „za wybitne zasługi dla biblistyki polskiej” (2007), Złotą Odznakę Honorową Katolickiego Stowarzyszenia Civitas Christiana (2007), nagrodę „Pontifici” Klubu Inteligencji Katolickiej w Warszawie (2007), Order św. Wiktorii, będący wyróżnieniem diecezji łowickiej (2011), nagrodę „Zasłużony dla Tolerancji”, przyznaną przez Fundację Ekumeniczną „Tolerancja” (2013), Nagrodę im. Księdza Stanisława Musiała (za rok 2018), Menorę Dialogu przyznaną przez Stowarzyszenie Coexist i Fundację Signum (2020).