Końce karboksylowe biorą udział w przyłączaniu innych czynników naprawiających uszkodzone DNA; centralnej β-kartki – umiejscowiona centralnie w heterodimerze, stanowią łącznik pomiędzy domenami. Składa się z siedmiu β-kartek rozmieszczonych antyrównolegle. Struktura β-kartki w tej domenie tworzy jedną pętle w dużym rowku DNA, co powoduje powstanie płaskiego miejsca przyłączenia nici DNA; C-terminalnego ramienia – stanowi miejsce przyłączenia kinazy białkowej zależnej od DNA.
Budowa pierścienia Kompleks białek Ku tworzą dwa pierścienie otaczające nić DNA całkowicie, w odróżnieniu od czynników replikacyjnych, które otaczają tylko część nici DNA. Zdarza się, że po naprawie zerwanej cząsteczki DNA, kompleks Ku pozostaje „uwięziony” na nici DNA. Wnętrze kompleksu tworzy asymetryczny pierścień zawierający dodatnio naładowane aminokwasy, który umożliwia interakcję z ujemnie naładowanym resztami kwasu fosforowego cząsteczki DNA. Taka budowa kompleksu białek Ku zapobiega degradacji DNA przez nukleazy oraz przesuwaniu się kompleksu z końców nici DNA.