Kolejny papież Benedykt XVI przyjął w lutym 2007 jego rezygnację z funkcji arcybiskupa Monachium i Fryzyngi (ze względu na osiągnięty wiek emerytalny), powierzając zarazem dalsze kierowanie archidiecezją w charakterze administratora apostolskiego do czasu przejęcia rządów przez następcę. 30 listopada 2007 ogłoszono, że nowym arcybiskupem zostanie Reinhard Marx, który objął archidiecezję 2 lutego 2008. 20 lutego 2008 r. w związku z osiągnięciem osiemdziesiątego roku życia utracił czynne prawo wyboru papieża w przyszłych konklawe. Po przejściu na emeryturę zamieszkał w domu Sióstr Miłosierdzia w Monachium.
Wedle raportu sporządzonego za kadencji kard. Marxa postępowanie Wettera związane 21 przypadkami oskarżeń o pedofilię podległych księży podczas jego urzędowania jako biskupa Spiry zostało uznane za niewłaściwe. Kardynał przeprosił za swoje postępowanie.
Upamiętnienie W 2020 w Landau in der Pfalz, rodzinnym mieście kardynała, jeden z placów nazwano jego imieniem (Kardinal-Wetter-Platz).