12 września 1939 po agresji Niemiec na Polskę, wkroczyły do Zagórza jednostki Wehrmachtu, radośnie witane przez ukraińskich nacjonalistów."Wkraczających do miasta we wrześniu 1939 Niemców ukraińska część ludności witała szczególnie serdecznie. Najbardziej przygnębiająco działały na Polaków urządzane przez Ukraińców tzw. "pogrzeby Polski". Urządzono je m.in. w Sanoczku, Komańczy i Zagórzu. Tłum który szedł z trumną, symbolizującą Polskę, śpiewał w trakcie pochodu "Propała Polsza, propała na wiki, uż ne pomożut Francuzy, Angliki". Trumnę tę zakopano następnie na miejscowym cmentarzu z padliną.[w:] Zeszyty Archiwum Ziemi Sanockiej. Nr 7 str. 15. Sanok-Zagórz-Lesko 1939-1944. 2007. W Zagórzu działała w czasie wojny Placówka Zagórz nr X. OP-23, AK, którą dowodził Alojzy Bełza ps. „Alik” od V 1943 do I 1944 prowadząc działalność dywersyjną i sabotażową. W konspirację zaangażowani była – Olga Sulimirska, właścicielka dworu w Zasławiu, (gdzie był obóz pracy przymusowej) i rodziny Krasickich i Gubrynowiczów a ich zameczek, przy drodze do Poraża, był ważnym ogniwem akowskiej konspiracji w Obwodzie Sanok. Proboszcz – Ks. Władysław Wójcik – za pomoc udzielaną dla AK i uciekinierom został aresztowany i wywieziony do Oświęcimia. Od stycznia 1944 r. Placówką tut. AK dowodził ppor. Stanisław Żebrowski „Zebra”.