W lipcu 1988 został prefektem Kongregacji Kultu Bożego i Dyscypliny Sakramentów, a w styczniu 1992 prefektem Kongregacji Instytutów Życia Konsekrowanego i Stowarzyszeń Życia Apostolskiego.
thumb|left|150px|Herb Eduardo Martíneza Somalo jako kardynała-kamerlinga w okresie sede vacante w 2005. Brał udział w wielu sesjach Światowego Synodu Biskupów w Watykanie; wchodził w skład sekretariatu generalnego Synodu, a w sesji specjalnej dla Kościoła europejskiego (listopad-grudzień 1991) i IX sesji zwykłej (październik 1994) pełnił funkcję prezydenta-delegata. Uczestniczył również w konferencjach generalnych Episkopatów Latynoamerykańskich (1979 w Puebla, Meksyk; 1992 w Santo Domingo, Dominikana). Reprezentował Jana Pawła II w charakterze specjalnego wysłannika lub legata na uroczystościach religijnych i rocznicowych, m.in. na V Narodowym Kongresie Eucharystycznym Ekwadoru w Guayaquil (listopad 1988) i na I Narodowym Kongresie Eucharystycznym Dominikany w Santo Domingo (listopad 1991).