Wraz ze wzrostem fortuny działalność charytatywna Rockefellera przybrała formę zinstytucjonalizowaną. W 1892 wspomógł nowo założony Uniwersytet Chicagowski kwotą ówczesnych 600 000 dolarów. Korzystając z porad Fredericka Taylora Gatesa, powołał do życia Instytut Badań Medycznych oraz Komisję Edukacji Powszechnej (General Education Board), która otworzyła serie szkół w najbiedniejszych dzielnicach. W 1913 utworzył Fundację Rockefellera na której cele statutowe przeznaczył 250 milionów dolarów. W 1918 utworzył Fundację im. Pamięci Laury Spelman, której celem było wspieranie badań społecznych. Całość kwoty jaką przeznaczył na działalność charytatywną szacuje się na ponad 500 milionów dolarów.
W szczytowym okresie swojej działalności przypadającym na lata 1880–1890 przedsiębiorstwo Rockefellera przerabiało powyżej 90% światowego wydobycia ropy naftowej. W tym czasie przedsiębiorstwo zatrudniało ponad 100 000 pracowników. Opinia publiczna zarzucała spółce działania mające na celu utworzenie monopolu. W 1882 Standard Oil Co. zostało przekształcone w Standard Oil Trust z siedzibą w New Jersey, zrzeszający pod wspólnym kierownictwem szereg korporacji wchodzących w skład dawnego Standard Oil Company.