Zachowały się także zapisy dotyczące wsi w historycznych księgach podatkowych, pochodzące z XV i XVI wieku. W 1577 płatnikami poboru podatkowego był Wiaczimer oraz jego brat – obaj Kobylniccy. W 1580 płatnikiem poboru byli właściciele wsi Andrzej, Mikołaj i Jakub Kobelniccy. W 1499 Kobylniki zostały odnotowane w wykazie zaległości podatkowych. W 1508 miał miejsce pobór od 11 łanów, 6 groszy z karczmy, a także pobrano wiardunek z młyna wodnego o jednym kole wodnym. W 1563 miał miejsce pobór z 11,5 łana, młyna dorocznego o jednym kole wodnym, karczmy dorocznej oraz od kowala. W 1564 we wsi było 16 łanów kmiecych. W 1580 odnotowano 10 półłanków, 4 zagrodników, 3 komorników, kowala, pasterza, młyna walnika o dwóch kołach wodnych, karczmę na 1/4 łana. Pobrano także 6 groszy od wyszynku gorzałki.
Wieś szlachecka Kobelniki położona była w 1580 roku w powiecie poznańskim województwa poznańskiegoAdolf Pawiński, Polska XVI wieku pod względem geograficzno-statystycznym, t. I, Wielkopolska, Warszawa 1883, s. 23.. Kolejnymi właścicielami, od początku XVII wieku byli Kąsinowscy herbu Nałęcz, a od około 1760 Obażantowscy.
W początkach XIX wieku Kobylniki zakupił Dobrogost Skrzypna-Twardowski herbu Ogończyk. W rękach Twardowskich Kobylniki pozostawały do II wojny światowej.