Mieszkali na terenach pomiędzy rzekami Dżubga i Szache (był to tak zwany Mały Szapsug) oraz na północnych stokach Kaukazu (doliny rzek Antchir, Abin, Afine, Bakan i Szipe; był to tak zwany Wielki Szapsug).
Historia Wzmianki o Szapsugach pojawiają się w czasie buntu Adygejczyków przeciwko Chanatowi Krymskiemu, w którym brali udział.
Razem z innymi ludami kaukaskimi, pod dowództwem imama Szamila, stawiali zacięty opór siłom Imperium Rosyjskiego chcącym podporządkować sobie ich ziemie. Dali się wówczas poznać jako znakomici żołnierze. W 1860 razem z Natuchajcami i Ubychami stworzyli konfederację plemion, posiadającą własne władze i parlament. W 1864, wraz z rosnącym naporem Rosjan, większość z nich opuściła rodzime strony i udała się na emigrację do Imperium Osmańskiego. Część diaspory uległa asymilacji lub przyłączyła się do społeczności Czerkieskiej. Na terenach, które podporządkowało sobie Imperium Rosyjskie, pozostało około 2 tys. Szapsugów.
W 1924 roku bolszewicy utworzyli Szapsugski Rejon Narodowy ze stolicą w Tuapse. W roku 1945 został on przekształcony w Łazariewski Region Kraju Krasnodarskiego. W roku 1990 doszło do pierwszego zjazdu Szapsugów, na którym podjęto decyzję o wspólnych działaniach na rzecz przywrócenia im Narodowego Regionu.