Joel Lindpere (ur. 5 października 1981 w Tallinnie) – piłkarz estoński grający na pozycji środkowego lub lewego pomocnika.
Kariera klubowa Lindpere pochodzi z Tallinna. Karierę piłkarską rozpoczął w klubie Nõmme Kalju. W 1997 roku zadebiutował w drugiej lidze estońskiej. W 1998 roku odszedł do Lelle SK, gdzie spędził dwa lata. W 2000 roku został piłkarzem Flory Tallinn. Wywalczył z nią wicemistrzostwo Estonii, a rok później mistrzostwo. W połowie 2001 roku przeszedł do drugoligowego zespołu Valga Warrior, ale już w 2002 roku wrócił do Flory. W 2002 i 2003 roku został z Florą mistrzem Estonii.
Na początku 2005 roku Lindpere został wypożyczony do CSKA Sofia. W pierwszej lidze Bułgarii zadebiutował 5 marca 2005 w wygranym 4:0 domowym meczu ze Slawią Sofia. W CSKA grał przez pół roku i rozegrał 11 spotkań. W połowie 2005 roku wrócił do Flory i grał w niej do końca 2006 roku.
W 2007 roku Lindpere odszedł z Flory do Tromsø IL. W nowym zespole zadebiutował 9 kwietnia 2007 w zwycięskim 1:0 domowym spotkaniu z Vålerenga Fotball. W 2008 roku wywalczył z Tromsø wicemistrzostwo Norwegii.
W 2010 roku Lindpere przeszedł do klubu Major League Soccer, New York Red Bulls. W 2013 roku został zawodnikiem Chicago Fire.