8 grudnia 1956 odwilż w stosunkach Państwo–Kościół pozwoliła na przejęcie administracji w diecezji gdańskiej przez bpa Edmunda Nowickiego. 27 października 1957 bp Nowicki wydał dekret erygujący Biskupie Seminarium Duchowne w Gdańsku Oliwie. 18 stycznia 1959 bp Lech Kaczmarek został sufraganem diecezji gdańskiej.
W dniach 18 sierpnia–23 października 1960 cudowny obraz Matki Boskiej Częstochowskiej nawiedził diecezję gdańską.
5 marca 1964 bp. Karol Maria Splett zmarł w Düsseldorfie.
W roku 1964 bp Edmund Nowicki został ordynariuszem gdańskim i pełnił tę funkcję do dnia 10 marca 1971, kiedy zmarł. W związku z tym wikariuszem kapitulnym diecezji został bp Lech Kaczmarek. W dniach 28–29 maja 1966 odbyły się obchody Tysiąclecia Chrześcijaństwa w Gdańsku z udziałem prymasa Stefana Wyszyńskiego i przedstawicieli Episkopatu. 2 grudnia 1971 bp Lech Kaczmarek został ordynariuszem diecezji gdańskiej. 12 czerwca 1972 bp Kazimierz Kluz został sufraganem diecezji gdańskiej.
W dniu 28 czerwca 1972 papież Paweł VI wydał bullę Episcoporum Poloniae coetus reorganizującą administrację kościelną na Ziemiach Zachodnich. Do tej pory diecezja gdańska należała do metropolii gnieźnieńskiej.
W roku 1972 powstało Gdańskie Towarzystwo Teologiczne.