20 kwietnia 2000 papież Jan Paweł II mianował ks. dr Józefa Szamockiego, biskupem pomocniczym diecezji toruńskiej ze stolicą tytularną Clypia. Święcenia biskupie otrzymał 27 maja 2000 w bazylice katedralnej w Toruniu. Udzielił mu ich Andrzej Suski, biskup diecezjalny toruński, w asyście Tadeusza Gocłowskiego, arcybiskupa metropolity gdańskiego i Henryka Muszyńskiego, arcybiskupa metropolity gnieźnieńskiego.
24 stycznia 2005 papież Jan Paweł II przyjął rezygnację gdańskiego biskupa pomocniczego Zygmunta Pawłowicza i mianował ks. prałata dr Ryszarda Kasynę, biskupem pomocniczym archidiecezji gdańskiej ze stolicą tytularną Dices. Święcenia biskupie otrzymał 2 kwietnia 2005 w bazylice Mariackiej w Gdańsku. Głównym konsekratorem był arcybiskup Józef Kowalczyk, nuncjusz apostolski w Polsce, natomiast współkonsekratorami Tadeusz Gocłowski, arcybiskup metropolita gdański i Piotr Libera, biskup pomocniczy katowicki.
W 2007 roku Gdańskie Seminarium Duchowne obchodziło swój jubileusz 50-lecia istnienia (27 października).