Faza pucharowa rozgrywek Ligi Europy UEFA 2009/2010 rozpocznie się 18 lutego 2010 i zostanie zakończona meczem finałowym, który odbędzie się na stadionie Volksparkstadion w Hamburgu w Niemczech 12 maja 2010.
Zakwalifikowane drużyny Do startu w fazie pucharowej uprawnione są 32 drużyny: 12 zwycięzców fazy grupowej Ligi Europy, 12 drużyn, które zajęły 2. miejsca w fazie grupowej Ligi Europy, 8 drużyn, które zajęły 3. miejsca w fazie grupowej Ligi Mistrzów. Do dalszych etapów turnieju przechodzą zwycięzcy poszczególnych dwumeczów.
Losowanie par 1/16 i 1/8 finału odbyło się 18 grudnia 2009 (godz. 13:00). Zwycięzcy fazy grupowej Ligi Europy oraz 4 najlepsze z zespołów, które zajęły 3. miejsca w fazie grupowej Ligi Mistrzów zostali rozlosowani przeciwko zespołom, które zajęły 2. miejsca w fazie grupowej Ligi Europy oraz pozostałym drużynom, które zajęły 3. miejsca w fazie grupowej Ligi Mistrzów. Drużyny z tych samych federacji oraz grup nie mogły zostać zestawione w 1 parze.
Drużyny rozstawione
Drużyny nierozstawione
Drużyny, które awansowały z fazy grupowej Ligi Europy: