thumb|Monitor rzeczny „Bosna” (jeszcze w jugosłowiańskiej służbie)ex. Ponadto utworzono Flotyllę Rzeczną na Dunaju i Sawie z dowództwem w Zemunie, która dysponowała najsilniejszymi jednostkami chorwackiej floty. W 1943 roku składała się z dawnych jugosłowiańskich monitorów „Sava” i „Bosna” (ex. „Morava”), kutrów: „Ustasa”, „Bosut”, kutrów patrolowych: „Petrincija”, „Pliva”, „Prace”, „Pakra”, „Plitvica” (zdobytych przez Niemcy w Holandii i przekazanych Chorwacji), pomocniczych trałowców: „Zagreb”, „Peter Zrinski” i okrętu sztabowego „Vrbas” (ex. „Cer”). W ramach tej flotylli istniał Morski Batalion Piechoty, stacjonujący w Zemunie, a następnie w Zagrzebiu.
Duża część kadry marynarskiej weszła w skład Chorwackiego Legionu Morskiego, sformowanego 2 lipca 1941 roku do walk w basenie Morza Czarnego. Legion ten, dowodzon przez kpt. Andro Vrkljana, a następnie kpt. Stjepana Rumenovicia, wszedł w skład niemieckiej marynarki Kriegsmarine. Początkowo jego liczebność wynosiła 343 ludzi. Władze NDH miały nadzieję, że marynarze nabiorą doświadczenia bojowego i będą stanowić zaczątek chorwackiej marynarki wojennej. 30 września 1941 roku legion przybył do Geniczeska, po czym zajmował się m.in.