W 2002 został trenerem pierwszej reprezentacji Finlandii w skokach narciarskich. Za jego kadencji jego podopieczni zdobyli między innymi drużynowe mistrzostwo świata w Val di Fiemme w 2003 (Janne Ahonen, Tami Kiuru, Arttu Lappi i Matti Hautamäki) oraz wicemistrzostwo olimpijskie w Salt Lake City w 2002 (Matti Hautamäki, Janne Ahonen, Risto Jussilainen i Veli-Matti Lindström), przegrywając ze złotymi medalistami – drużyną niemiecką – o 0,1 punktu. Z fińską kadrą rozstał się w 2008 i został dyrektorem wykonawczym Lahden Hiihtoseura.
Sukcesy podopiecznych Nikunena w Finlandii w latach 2002–2008 (chronologicznie)
Medal Zawodnik Zawody Rok16pxJanne AhonenTurniej Czterech Skoczni200316pxMatti HautamäkiMistrzostwa świata200316pxFinlandiaMistrzostwa świata200316pxMatti HautamäkiPŚ w lotach200316pxFinlandiaPuchar Narodów200316pxJanne AhonenMŚ w lotach200416pxTami KiuruMŚ w lotach200416pxFinlandiaMŚ w lotach200416pxJanne AhonenPuchar Świata200416pxJanne AhonenPŚ w lotach200416pxFinlandiaPuchar Narodów200416pxJanne AhonenTurniej Czterech Skoczni200516pxJanne AhonenMistrzostwa świata200516pxJanne AhonenMistrzostwa świata200516pxFinlandiaMistrzostwa świata200516pxJanne AhonenPuchar Świata200516pxMatti HautamäkiPuchar Świata200516pxMatti HautamäkiPŚ w lotach200516pxFinlandiaPuchar Narodów200516pxJanne AhonenTurniej Czterech