W okresie od stycznia do marca 1942 roku wszystkie kościoły tarnowskie zostały zamknięte z powodu epidemii tyfusu. W 1943 roku misjonarze na prośbę administratora diecezji tarnowskiej bpa Edwarda Komara przeprowadzili serię rekolekcji i misji parafialnych. Dnia 4 listopada 1944 roku na budynek kościoła spadły dwie bomby. Jedna uderzyła w dach i wybuchła na strychu powodując zerwanie dachówek; druga przebiła się nad ołtarzem Serca Jana Jezusa niszcząc całe sklepienie nawy bocznej.
Okres powojenny (po 1945) mały|240x240px|Zabytkowy budynek plebanii Bezpośrednio po wojnie duszpasterstwem kierowało dwóch superiorów: Franciszek Matelski (1946) oraz Stanisław Kałężny (1946–1958). Szkody zostały szybko naprawione i odrestaurowano kościół i plebanię. W latach 1973–1974 rozbudowano plebanię w celu urządzenia pomieszczeń katechetycznych i pomieszczeń mieszkalnych dla sióstr miłosierdzia i księży. W latach 1982–1983 wzniesiono nowy dom katechetyczny. W latach dziewięćdziesiątych odzyskano zabrany po wojnie Dom Ubogich im. św. Ludwiki de Marillac przy ul. Robotniczej 4. Mieści się w nim Zakład Specjalny prowadzony przez Zgromadzenie Sióstr Miłosierdzia św. Wincentego a Paulo. W roku 2023 w domu i parafii pracowało jedenastu księży.