Aneks wskazywał, że właściwe granice parafii mają zostać wytyczone w czerwcu 1958 roku, podczas gdy właściwy dokument oznajmiał, że zostaną one wytyczone po wybudowaniu właściwego kościoła. Doprowadziło to do konfliktu proboszcza Anzorge z biskupem Pawłowskim. W toku korespondencji, biskup dołączył do granic nowej parafii część terenów parafii katedralnej w 1959 roku. Definitywnie wyłączenie parafia Świętego Zbawiciela z parafii św. Jana Chrzciciela nastąpiło w styczniu 1960 roku. Jednak zatwierdzenie jej granic miało miejsce dopiero w 1981 roku. Po odłączeniu od parafii macierzystej w 1960 roku, parafia Świętego Zbawiciela liczyła 3571 osób.
Budowa kaplicy i starania o budowę kościoła parafialnego mały|Tablica upamiętniająca pierwotną kaplicę przy ul. Jagiellońskiej 8 marca 1958 roku Prezydium Wojewódzkiej Rady Narodowej w Bydgoszczy wyraziło zgodę na budowę tymczasowej kaplicy dla parafii Świętego Zbawiciela we Włocławku. Nie uzyskano natomiast zgody na budowę świątyni w obrębie ww. działek przy ul. Jagiellońskiej 5, 7 i 9. Dla potrzeb świątyni zaadaptowano istniejący już budynek gospodarczy leżący przy ul. Jagiellońskiej 13, u zbiegu z ul. Chmielną. Leżał on na placu dzierżawionym przez p. Helenę Kuźnicką (1880-1970). Prace adaptacyjne trwały od marca do kwietnia, a wykonała je Spółdzielnia „Przyszłość”.