22 listopada 1981 w Kampali sakry biskupiej udzielił mu kardynał Emmanuel Nsubuga (arcybiskup Kampali). W czerwcu 1988 biskup Wamala został mianowany arcybiskupem-koadiutorem Kampali i po przejściu kardynała Nsubugi w stan spoczynku 8 lutego 1990 przejął rządy w archidiecezji. W latach 1990–1994 przewodniczył Konferencji Episkopatu Ugandy.
Gdy rząd Ugandy prowadził w związku z pandemią AIDS kampanie promujące bezpieczny seks, Wamala brał udział w kontrkampaniach zniechęcających mieszkańców Ugandy do używania prezerwatyw, przedstawiając je jako obrazę godności mężczyzny, a antykoncepcję jako grzech.
Brał udział w sesjach Światowego Synodu Biskupów w Watykanie, w tym w sesji specjalnej poświęconej Kościołowi Afryki wiosną 1994. 28 czerwca 1994 Jan Paweł II wyniósł go do godności kardynalskiej, nadając tytuł prezbitera S. Ugo. Kardynał Wamala był pierwszym rektorem Uniwersytetu im. Męczenników Nowej Ugandy.
W kwietniu 2005 uczestniczył w konklawe po śmierci Jana Pawła II. W sierpniu 2006 Benedykt XVI przyjął rezygnację kardynała z funkcji arcybiskupa Kampali