W 1999 po raz drugi został zawodnikiem Livorno. Jako piłkarz tej drużyny odnosił swoje największe sukcesy w karierze. Dwukrotnie został królem strzelców Serie C1 w sezonach 2000/01 (20 bramek) oraz 2001/02 (27 bramek). Sezon 2001/02 zakończył się dla Livorno mistrzostwem Serie C1 oraz awansem do Serie B. Protti w kolejnym sezonie został królem strzelców Serie B z 23 bramkami na koncie. Sezon 2003/04 zakończył się awansem Livorno do Serie A, a Protti strzelił 24 bramki. Po sezonie 2004/05 zakończył karierę piłkarską.
Protti wraz Dario Hübnerem jest jedynym piłkarzem w historii, który zdobywał tytuł króla strzelców Serie A, Serie B i Serie C. Jest także jedynym piłkarzem w historii Serie A, który zdobył tytuł króla strzelców w sezonie, w którym jego zespół spadł do niższej klasy rozgrywkowej.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 1983/84 Rimini Serie C1 2 0 1984/85 5 0 1985/86 Livorno 25 2 1986/87 21 1 1987/88 29 9 1988/89 AlzanoCene 31 10 1989/90 Messina Serie B 36 12 1990/91 35 9 1991/92 35 10 1992/93 Bari 33 9 1993/94 18 6 1994/95 Serie A 28 7 1995/96 33 24 1996/97 Lazio 27 7 1997/98 Napoli 27 4 1998/99 Lazio 2 0 1998/99 Reggiana Serie B 24 8 1999/2000 Livorno Serie C1 26 11 2000/01 36 20 2001/02 31 27 2002/03 Serie B 37 23 2003/04 46 24 2004/05 Serie A 27 6
Sukcesy
Indywidualne