Po dojściu do władzy Mobutu oddał władzę we wschodniej części kraju w ręce Banyamulenge. Miał nadzieję, że jako mniejszość utrzymają w ryzach miejscową ludność i nie pozwolą na utworzenie się opozycjiAutesserre, Severine. “The Trouble With Congo: How Local Disputes Fuel Regional Conflict”. Foreign Affairs. 2008. 87(3), s. 94–110.. Stało się to bezpośrednią przyczyną napięć i konfliktów pomiędzy warstwą rządzącą a lokalnymi plemionami. W latach 1963–1966 plemiona z prowincji Kiwu Północne (Hunde oraz Nande) walczyły przeciwko rwandyjskim emigrantom. Walki prowadzone były zarówno przeciwko Hutu, jak i Tutsi w tak zwanej wojnie Banyarwanda, w trakcie której miały miejsce masakry ludności cywilnejLemarchand, René. The Dynamics of Violence in Central Africa. Philadelphia: University of Pennsylvania, 2009, s. 13..