Wkrótce jednak Reid z lidera przerodził się w największy balast planującej wielką trasę koncertową po USA formacji, kiedy to odmówiono mu wydania amerykańskiej wizy (powodem było znalezienie przez jamajską policję w jego domu marihuany). Wskutek tego, a także z powodu osobistych nieporozumień z Duckie Simpsonem, Reid w nie najlepszej atmosferze zakończył współpracę z zespołem.
Kolejny etap w swojej karierze rozpoczął od założenia własnego labelu wydawniczego, nazwanego po prostu J.R. Productions, którego nakładem wydał pod koniec lat 80. kilka nowych singlowych przebojów. Mimo to, swoją trzecią (One Blood, 1989) i czwartą (Progress, 1990) płytę długogrającą zdecydował się nagrać dla wytwórni Big Life Records, należącej do holenderskiego koncernu muzycznego PolyGram. Następną ciekawą pozycję w jego dyskografii stanowi zawierająca wiele nowatorskich, nietypowych utworów Visa, wydana przez Greensleeves w roku 1993. Album ten ukazał się również rok później nakładem waszyngtońskiej wytwórni RAS Records, rozpoczynając krótki okres współpracy artysty z tym właśnie labelem. Jej efekty usłyszeć można na utrzymanych w nowoczesnym brzmieniu krążkach Junior Reid & The Bloods (1995) oraz Listen To the Voices (1996). Od tego czasu Reid nie związał się już nigdy z żadną dużą wytwórnią, skupiając się na rozwoju J.R. Productions.