Jego niechęć do Aczoli zaowocowała masakrami i dyskryminacją tej grupy etnicznej. Spotykało się to często z uznaniem innych ludów Ugandy, pamiętających o walkach z brytyjskimi wojskami kolonialnymi.
Po upadku reżimu Amina ich sytuacja uległa poprawie, niechęć do nich była jednak nadal silna, zwłaszcza w południowej części kraju. W 1985 roku, w wyniku przewrotu, prezydentem Ugandy został Aczoli, Tito Okello. Nie cieszył się on jednak popularnością i już rok później został obalony przez pochodzącego z południa Yoweriego Museveniego. Oddziały wierne Okello, złożone z jego rodaków, wycofały się na północ, którą w bardzo krótkim czasie opanował nowy prezydent. Obawiając się nowych prześladowań wielu Aczoli nie uznało Museveniego i zdecydowało się na walkę. Najbardziej znaną formacją Aczoli był Ruch Ducha Świętego, utworzony przez Alice Aumę. Auma ogłosiła, że wstąpił w nią Duch Święty (Lakwena), który nakazał jej walkę z nowym reżimem w celu ustanowienia sprawiedliwego porządku w Ugandzie. Po serii mniejszych zwycięstw, oddziały Ruchu Ducha Świętego podjęły próbę zdobycia Kampalii, która jednak zakończyła się druzgocącym zwycięstwem armii rządowej.