W kraju wyróżnia się trzy jednostki fizycznogeograficzne. Pierwszą z nich jest przedgórze zwane Subhimalajami, które jest zbudowane z utworów osadowych, pochodzących głównie z trzeciorzędu. Obszar ten obejmuje tereny położone od 600 do 1 500 m n.p.m. Najniżej położone obszary leżą na samym południu Bhutanu, przy granicy z Indiami. Tereny te poprzecinane są dolinami rzek. Drugą jednostką jest region zwany – Himalaje Małe. Ten górzysty region, gdzie wysokość jego waha się od 1500 do 4500 m n.p.m. zbudowany jest z silnie pofałdowanych utworów paleozoicznych i mezozoicznych. Trzecia kraina to Himalaje Wysokie, czyli jak sama nazwa wskazuje są to najwyższe partie łańcucha Himalajów. Góry jakie tam się wznoszą, składają się utworów o średnich wysokości 6000 m n.p.m. Wiele szczytów przekracza wysokość 7000 m n.p.m. Są to jedne z najwyżej położonych regionów na Ziemi. Góry te zbudowane są ze skał pochodzących z prekambru i wczesnego paleozoiku. Najwyższym szczytem kraju jest Czomo Lhari, który wznosi się na 7315 m n.p.m.
340px|left|thumb|Himalaje Wysokie
Klimat Mimo szerokości geograficznych na jakich położony jest Bhutan, klimat zalicza się do strefy klimatów podzwrotnikowych, o chłodnej i górskiej odmianie.