Według Uedy ta wersja była zbyt szczegółowa dla silnika graficznego, który stworzyli, i w celu pozbycia się zbędnych elementów wojownicy zostali zastąpieni cienistymi stworzeniami. Ponadto Ueda zaangażował w produkcję osoby niezwiązane z przemysłem gier komputerowych. Byli to dwaj programiści, czterej artyści i jeden projektant, którzy wraz z Uedą i Kaido zapoczątkowali studio znane obecnie jako Team Ico. Po namyśle Ueda zauważył, że ubytkowe projektowanie przyczyniło się do odrzucenia zbyt wielu pomysłów z gry i postanowił być mniej skrajnym przy produkcji Shadow of the Colossus.
Po dwóch latach rozwoju gry zespół natrafił na ograniczenia sprzętowe PlayStation i musiał podjąć kluczową decyzję: anulować cały projekt, zmodyfikować jego wizję i dostosować ją do możliwości konsoli lub poszukać innych rozwiązań. Studio postanowiło trzymać się zamysłu Uedy i wykorzystało ulepszone parametry PlayStation 2. Animacje postaci zostały stworzone przy pomocy klatek kluczowych, zamiast bardziej popularnej techniki motion capture. Ico jest jedną z pierwszych gier, w których użyto oświetlenia z efektem bloom oraz miękkiego światła, używanych później powszechnie w grach siódmej generacji.