W związku ze znacznym pokładem lodu na terenie od Wisły, pozostał on tu znacznie dłużej niż na płaskowyżu.
Czas powstania Zagłębienie powstało w okresie czwartorzędu, w trakcie epoki lodowej w plejstocenie i holocenie.
Zagłębienie Szeszupy, tak jak cały obszar Pojezierza Północnosuwalskiego zostało ukształtowane przez Lądolód Skandynawski około 1 800 000-10 200 lat temu, a szczególnie przez ostatnie zlodowacenie północnopolskie.
Formy geologiczne W Zagłębieniu Szeszupy znajduje się kompleks jezior kleszczowieckichNasze Miasto Białystok..: Kojle (pow.17,5 ha, głęb. 20m), Perty (pow. 20 ha, głęb. 30 m) i Purwin (1,2 ha, głęb. 5 m) oraz głazy narzutowe między jeziorem Hańcza a zagłębieniem tworzące rezerwat przyrody Głazowisko Łopuchowskie. Na krawędzi ozu na wysokość 256 m n.p.m. wznosi się największe wzniesienie Suwalskiego Parku Krajobrazowego – Góra Cisowa..
Ochrona Od roku 1976 obszar niecki jest objęty ochroną i znajduje się na terenie Suwalskiego Parku Krajobrazowego.
Turystyka Przez zagłębienie prowadzi kilka szlaków i tras turystycznych, m.in. ścieżka przyrodnicza „U źródeł Szeszupy”. Prowadzi od Malesowizny do Łopuchowa i liczy 6 kmFundacja Nasza Ziemia..