Jakubik nie był w stanie jednak zaakceptować pierwotnej wersji scenariusza, w której Środoń okazywał się wyrachowanym i zimnym mordercą; na życzenie aktora Smarzowski zmodyfikował scenariusz, aby Środoń sprawiał wrażenie całkowicie niewinnego; ostatecznie reżyser nakręcił jednak też fragmenty pierwotnego wariantu, zmieszane później w montażowni z wersją pożądaną przez Jakubika, aby „uniknąć w filmie jednoznaczności”.
Operatorem kamery przy Domu złym był Piotr Sobociński jr., który po raz pierwszy współpracował ze Smarzowskim. Sobociński opisywał metodę Smarzowskiego następująco: „Narzuca pewną konwencję: to jest zawsze nietypowy montaż, kamera z ręki, dość krótkie ujęcia i gęsty ich dobór. Zazwyczaj każde ustawienie jest mastershotem, czyli rejestracją całej sceny”. Zdjęcia do filmu rozpoczęły się w listopadzie 2008 roku, a zakończyły się w styczniu 2009 roku. Za plenery posłużyły okolice Gorlic (Hańczowa, Bielanka, Krzywa, okolice stacji kolejowej Łupków), a jako główną lokalizację przy kręceniu zdjęć wykorzystano dom w Beskidzie Niskim. Istotna przy lokalizacji dla Smarzowskiego była „bliskość granicy”. Zdjęcia kręcono kamerą cyfrową Sony Ex 1. Montażysta Paweł Laskowski zgodnie z życzeniem reżysera wyciął sporą część materiału zdjęciowego, aby wspomnienia bohatera były opowiadane za pomocą dynamicznych sklejek ujęć.