Wskaźniki okrzemkowe – wskaźniki stanu ekologicznego środowiska oparte na występowaniu w nim taksonów okrzemek o znanej tolerancji ekologicznej. Wskaźniki okrzemkowe są wykorzystywane do określenia jednego parametru fizyczno-chemicznego siedliska (np. odczynu) lub do bardziej złożonego stanu ekologicznego (np. klasy jakości wód).
Podstawy ekologiczne thumb|Melosira moniliformis – gatunek o wskaźnikowy dla wód o średnim do dużego zasolenia Niektóre taksony okrzemek mając ściśle określony zakres tolerancji ekologicznej mogą być dobrymi bioindykatorami. Ze względu na trwałość skorupek mogą być wykorzystywane w badaniach paleoekologicznych do odtwarzania dawnych warunków ekologicznych. Ponieważ występowanie okrzemek w siedlisku zależy od dostępności rozpuszczalnej krzemionki, której zasoby mogą się wyczerpywać w ciągu sezonu wegetacyjnego, zalecane jest pobieranie prób zawierających okrzemki w okresie ich większego zagęszczenia. Na potrzeby monitoringu stanu jakości rzek zaleca się pobieranie prób fitobentosu przed przejściem wysokiej wody, tj. przedwiośnie lub wczesna wiosna w potokach górskich i wyżynnych, a jesień w rzekach nizinnych. W jeziorach natomiast w szczycie sezonu wegetacyjnego i nieco późniejszą jesienią.