Oprócz zakłóceń na rynku, interwencja państwa sprowadza się także do subsydiowania wybranych kierunków badań naukowych w wybranych wyspecjalizowanych jednostkach. Przyjmuje się również, że proces innowacji jest liniowy (przyczynowo-skutkowy), zapoczątkowany przez badania naukowe. Organizacje biorące udział w procesie innowacji stanowią przeważnie zbiór odizolowanych organizacji niż system organizacji w interakcji.
Systemowa koncepcja polityki innowacji
Innowacja powstaje w procesie zbiorowym, do którego potrzebny jest udział wielu organizacji sektora prywatnego i publicznego oraz współpraca pomiędzy nimi (klientami, dostawcami, konkurencją, jednostkami badawczo-rozwojowymi, uczelniami czy agencjami rządowymi). Jednymi słowy, potrzebne są systemy innowacji.
Interwencja państwa związana z systemową polityką innowacji koncentruje się na rozwoju procesów i produktów technologicznych oraz na zmianach organizacyjnych, wspomagających rozwój danych typów innowacji np. tworzeniu klastrów przemysłowych i innych sieci współpracy, służących do przepływu wiedzy. Wspomaganie państwa polega także na tworzeniu systemów innowacji, zwłaszcza Narodowego Systemu Innowacji.