W procesie „odpryskowym” filomatów razem z Witkiewiczem otrzymał karę śmierci (1824), którą później złagodzono. Miał do wyboru osadzenie w twierdzy w Bobrujsku i służbę w wojsku lub zesłanie na Syberię. Przyczyniło się do tego m.in. wstawiennictwo księcia Józefa Giedroycia. Cyprian Janczewski wykazał się niezłomnością postawy, mimo bólu i cierpienia, podczas wywozu więźniów z Wilna na zesłanie. Zostało to uwiecznione przez Adama Mickiewicza w III części „Dziadów”. Po pięciu latach pobytu w twierdzy zezwolono mu na widzenie się z ojcem.
W 1826 został zwolniony z więzienia w twierdzy bobrujskiej. Cyprian Janczewski osiadł wówczas w rodzinnym majątku na Żmudzi, ożenił się z Kazimierą Burbą (ur. 1811, zm. 1880; miał z nią trójkę dzieci, córkę Marię oraz dwóch synów: Kazimierza Józefa oraz Edwarda) i sprawował funkcje marszałka szlachty powiatu rosieńskiego. Do 1939 r. w rodzinnym dworze w Blinstrubiszkach zachowały się liczne pamiątki m.in. akta z czasów sprawowania przez Cypriana Janczewskiego urzędu marszałka szlachty.
Po śmierci w 1853 roku został pochowany w Widuklach.
Obecnie nieliczne pamiątki znajdują się w posiadaniu potomków na terenie Polski.
Upamiętnienia