Indianie udaje się oszukać Magnusa i wraz z Archiem odbywają jazdę tramwajem linowym, podczas gdy ludzie Magnusa próbują ich zastrzelić z samochodów. Po udanej ucieczce, Indy stwierdza, że Kingston pozostawił Nefrytową Sferę, by wskazać mu drogę. Wyrusza więc tam, gdzie jego nauczyciel w 1922 roku odnalazł Sferę – do Panamy.
W Panamie Indy poznaje uroczą reporterkę Maggie O’Malley, która wraz z nim wyrusza w dół rzeki. Indiana przedostaje się najpierw do pobliskiej wioski, gdzie dostaje od tubylców klucz otwierający Panamską Świątynię, a następnie wyrusza w jej głąb. Po drodze napotyka też na dość trudnego przeciwnika – Sudao – jednego z ludzi Magnusa. Kiedy Indy dociera na szczyt Świątyni, za pomocą Sfery odnajduje Dziennik Kingstona, który informuje go o głównym obiekcie poszukiwań nazistów – Berle Królów, czyli laski Mojżesza, odpowiedzialnej za rozstąpienie Morza Czerwonego oraz dziesięć plag egipskich.
Indiana wyrusza do Stambułu, gdzie ma zamiar odnaleźć „Pasterza” o którym wspominał dziennik. W Pałacu Tokapi'ego, po starciu z nazistami i rozwiązaniu wielu zagadek odkrywa, że ów „Pasterz” to nazwa wielkiego wahadła, które wskazuje miejsce ukrycia Berła – jest nim pewne miejsce w Himalajach.