Pod koniec października Hindus wraz z Qureshim zagrał w Petersburgu, gdzie Bopanna osiągnął tam siódmy finał w sezonie, jednak w finale musiał uznać wyższość Włochów Daniele Braccialiego i Potito Starace.
W czerwcu 2011 roku, w parze z Qureshim wygrali zawody w niemieckim Halle, pokonując w finale duet Robin Haase-Milos Raonic. W połowie października azjatycki debel triumfował w Sztokholmie, gdzie w finale byli lepsi od pary Marcelo Melo-Bruno Soares. Miesiąc później Azjaci zwyciężyli po raz pierwszy w karierze w zawodach kategorii ATP World Tour Masters 1000, w Paryżu. W drodze po tytuł pokonali m.in. parę Michaël Llodra-Nenad Zimonjić, a w finale Francuzów Juliena Benneteau i Nicolasa Mahuta.
W marcu 2012 roku, w parze z Maheshem Bhupathim, Bopanna wygrał zawody w Dubaju. W finale hinduski debel odniósł zwycięstwo nad polską parą Fyrstenberg–Matkowski 6:4, 3:6, 10-5. W sierpniu osiągnął finał rozgrywek w Cincinnati, gdzie występował razem z Bhupathim, a w październiku w Szanghaju. Drugi tytuł w sezonie Hindusi wywalczyli na początku listopada w Paryżu w ramach rozgrywek ATP World Tour Masters 1000. Finał wygrali 7:6(6), 6:3 z Aisamem-ul-Haq Qureshim i Jeanem-Julienem Rojerem. W listopadzie para z Indii osiągnęła finał turnieju ATP World Tour Finals rozgrywanego w Londynie.