W latach 90. Unia Zachodnioeuropejska stała się bardziej aktywna, czego przejawami było stworzenie Korpusu Europejskiego, zacieśnianie współpracy z NATO i zaproszenie do współpracy na prawach partnera stowarzyszonego państw stowarzyszonych z Unią Europejską i ubiegających się o członkostwo w tej organizacji. Na mocy Traktatu o Unii Europejskiej uznano UZE za zbrojne ramię Wspólnoty, przyjmując jako dalekosiężny cel UE utworzenie wspólnej armii europejskiej.
Na szczycie Rady Europejskiej w Helsinkach w 1999 postanowiono jednak o wygaszeniu UZE i przeniesieniu jej kompetencji do nowo tworzonych struktur wspólnej polityki bezpieczeństwa i obrony (WPBiO) w ramach wspólnej polityki zagranicznej i bezpieczeństwa (WPZiB), a działające w strukturach UZE dwie agencje (WEUISS oraz WEUSC) przejęte zostały w 2002 r. przez Unię Europejską, przy czym druga z nich do dziś odpowiada za obsługę programu emerytalnego dla pracowników rozwiązanej UZE. Wskutek traktatu nicejskiego usunięto przepisy o UZE jako integralnej części unijnych procesów integracyjnych o charakterze polityczno-obronnym.