Stopniowo Kabila rozpoczął proces odsuwania przedstawicieli Tutsi od władzy. Kumulacją tego procesu było zdymisjonowanie szefa sztabu armii kongijskiej Jamesa Kabarebe 14 lipca 1998 roku. Dwa tygodnie później 27 lipca, Kabila nakazuje wojskom Rwandy i Ugandy opuszczenie granic DRK. 2 sierpnia 1998 dochodzi do buntów w Gomie oraz Bukavu rozpoczętych przez Banyamulenge (członkowie plemienia Tutsi) oraz do utworzenia Kongijskiego Ruchu na rzecz Demokracji (RCD), który uzyskuje poparcie zbrojne od Rwandy, Ugandy i Burundi.
1998 – 1999 Początkowa ofensywa rebeliantów zagroziła rządowi Kabili w przeciągu jednego tygodnia, lecz dzięki szybkiej interwencji sojuszników rządowi udało się ocaleć. Po odparciu sił rebeliantów w roku 1999 ustabilizowała się linia frontu. Po tym konflikcie dochodziło przez pewien czas do nieregularnych bitew.