Po usunięciu z analiz niektórych taksonów lub cech Notosuchia stanowiły klad, zmieniała się również pozycja filogenetyczna Simosuchus – stawał się wówczas taksonem siostrzanym dla grupy obejmującej rodzaje Malawisuchus, Uruguaysuchus, Chimaerasuchus, Notosuchus, Comahuesuchus i Sphagesaurus lub znajdował się w trychotomii z Libycosuchus i kladem złożonym z Araripesuchus, Malawisuchus, Comahuesuchus, Mariliasuchus, Notosuchus i Uruguaysuchus. Analiza przeprowadzona przez Sereno i Larssona (2009) zasugerowała bliskie pokrewieństwo Simosuchus z Anatosuchus – autorzy wskazali na szeroki, w przybliżeniu prostokątny przód pyska jako jedną z cech łączących oba rodzaje. Według badań O'Connora i współpracowników (2010) Simosuchus stanowił grupę zewnętrzną dla kladu obejmującego południowoamerykańskie rodzaje Notosuchus, Sphagesaurus, Comahuesuchus, Baurusuchus oraz chiński Chimaerasuchus. Bliskie pokrewieństwo Simosuchus i Chimaerasuchus sugerowali Carvalho i in. (2004) – ukuli oni nazwę Chimaerasuchidae, odnoszącą się do kladu obejmującego ostatniego wspólnego przodka tych dwóch rodzajów i wszystkich jego potomków. Według ich analizy grupa ta nie należałaby do Notosuchia, lecz do szerszego kladu Gondwanasuchia.