Rządy Ottona w Czechach nie były zbyt szczęśliwe dla tego kraju – wśród ludności narastała niechęć wobec regenta oskarżanego o okrucieństwo, jak również wobec cudzoziemców (głównie Niemców), którymi się otaczał. Z rządów zrezygnował na rzecz matki Wacława w 1283 w zamian za wysokie odszkodowanie. Do Pragi wrócił wówczas Wacław.
Po śmierci Rudolfa Habsburga w 1291 jako głowa ottońskiej linii brandenburskich Askańczyków uczestniczył w elekcji nowego króla niemieckiego. Wdał się przy tym w spór o skorzystanie z praw elektorskich należnych władcom Brandenburgii ze swym kuzynem, Ottonem IV ze Strzałą, który przewodził młodszej linii rodu. Otto Długi popierał wówczas Adolfa z Nassau, a Otto ze Strzałą należał do partii habsburskiej.
Żoną Ottona była Judyta (Jutta) z Hennebergu. Dzięki temu małżeństwu, po śmierci brata żony, Ottonowi przypadła część hrabstwa Hennebergu oraz Koburg. Spośród dzieci przeżył go tylko jeden syn, Herman, który został jego następcą, oraz córki: Beatrycze, zm. 1316, żona księcia świdnickiego Bolka I Surowego, a następnie